除父母与孩子亲子关系的常染色体鉴定以外，还有Y染色体鉴定、X染色体鉴定和线粒体DNA测序等其他复杂家系亲权关系鉴定。

1、爷爷与孙子、同胞兄弟、追祖认宗等亲缘关系可以鉴定吗？
人类文明进入父系社会以来，男性为主导的姓氏族群是划分人类亲缘关系的基本依据。无论爷爷与孙子，兄弟叔侄之间或同一祖宗来源等等，它们都有一个共同的特点，基因组中的Y染色体是沿着家族的“香火”而被传递下去的，换句话说，他们的Y染色体都是一样的。Y染色体的基因检测可以鉴定出他们之间是否具有亲缘关系。
Y染色体鉴定又称隔代亲权鉴定，其过程是比较两份Y染色体的DNA序列，来确定二者的亲缘关系。它多被应用于以下领域：(A) 父亲因不同意，过世，失踪等原因无法参与DNA鉴定。(B) 认祖认宗。(C) 迁移祖坟时遗骸的鉴定。

2、如何判读Y染色体的鉴定结果？

经检测后，如孙子的Y染色体与爷爷的Y染色体不一致，那么就出现两种可能：一是父亲不是爷爷的亲生儿子；二是孙子不是父亲的亲生儿子，在你方可以排除第一种可能的条件下，则就能显而易见得出结论。
如孙子的Y染色体与祖父的Y染色一致，那么也出现两种可能：一是孙子是父亲所亲生；二是孙子不是父亲所亲生，但是是该父系家族其他男性所生。在你方可以排除第二种可能的条件下，我们的结论也显而易见。

3、奶奶和孙女、姐妹之间能否进行亲缘关系鉴定？

奶奶和孙女之间有一条X染色体是一样的，姐妹之间至少有一条X染色体是一样的。这样的话，利用X染色体STR（微卫星位点）比对，就可以鉴定出他们之间是否具有亲缘关系。
X染色体鉴定多被用于父母缺如情况下的亲缘关系鉴定。

4、兄妹之间的亲缘关系可否进行鉴定？

线粒体DNA是位于真核细胞胞质内的环状DNA，由于线粒体呈母系遗传，兄弟姐妹间的线粒体顺序均相同。所以线粒体DNA测序鉴定又称同母关系鉴定。利用这一特点并进行比对，可以推算出他们的同胞亲缘关系。
当然，线粒体测序也有其局限性，与被鉴定人的母亲为同一母系亲属的所有个体，均与其母亲有相同的序列，所以检验结果相同也不能作肯定的结论。
常染色体亲子鉴定，性（X,Y）染色体鉴定，线粒体DNA测序等鉴定方法在可能的情况下可以结合使用，来达到复杂家系亲缘关系鉴定的目的。